Salah satu alasan mengapa pengguna sering bingung antara Thunderbolt™ 3 dan USB 3.1 Gen2 Type C adalah karena bentuk colokan kedua kabel terlihat sama persis. Namun, konektor yang sama dipasangkan dengan protokol transmisi yang berbeda. Dengan kata lain, kedua kabel tersebut dilengkapi dengan colokan USB-C™ namun masing-masing memiliki protokol transmisinya sendiri, yaitu Thunderbolt™ 3 dan USB 3.1.
Meskipun ada perbedaan dalam protokol transmisi, Thunderbolt™3 dan USB 3.1 Gen2 Tipe C dapat berbagi port USB-C™ yang sama. Misalnya, jika pengguna menyambungkan laptop USB-C™ ke monitor Thunderbolt™ 3, laptop tersebut tetap dapat digunakan sebagai satu set. Satu-satunya perbedaan adalah karena keterbatasan bandwidth USB3.1 Gen2, bandwidth transmisi akan turun dari 40 Gb/s menjadi 10 Gb/s.
Oleh karena itu, pengguna perlu memastikan bahwa port USB-C laptop mereka mendukung mode DisplayPort Alt. Itu adalah mode yang memungkinkan laptop mereka yang dilengkapi USB-C terhubung langsung ke monitor Thunderbolt™ 3 atau USB-C™. Selain itu, karena terdapat beberapa protokol untuk port USB-C, pengguna kemudian harus memastikan apa yang didukung oleh port USB Typc C laptop mereka, apakah itu Mode Alternatif DisplayPort atau pengisian daya, untuk menjamin monitor atau laptop dapat menikmati kenyamanan yang diberikan. dengan solusi satu kabel USB-C.